Środki finansowe na inwestycję wodnokanalizacyjną z Rządowego Funduszu Polski Ład, a odliczenie VAT przez Gminę od wydatków na tę inwestycję

Gmina realizuje inwestycję w ramach Rządowego Funduszu Polski Ład,, Rozwój sieci wodociągowej”. Inwestycja będzie wykorzystywana przez Gminę, za pośrednictwem Urzędu Gminy do zbiorowego zaopatrzenia w wodę oraz realizowana w celu zwiększenia dostępności usług zaopatrzenia w wodę na rzecz mieszkańców. Referat gospodarki i infrastruktury Gminy prowadzi działalność z zakresu gospodarki wodnokanalizacyjnej – usługi odpłatnie, na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych. Gmina może odliczyć podatek VAT z inwestycji w 100% na odcinkach gdzie nie znajdują się budynki użyteczności publicznej, natomiast na odcinkach inwestycji gdzie owe budynki się znajdują jest możliwe odzyskanie podatku VAT tzw. indywidualnym prewspółczynnikiem, który dla w/w działalności wynosi 99%.
Problem polega na tym, że dotacja na inwestycje w ramach Rządowego Funduszu Polski Ład została przyznana w kwocie brutto, czyli już z podatkiem VAT – przy udzieleniu promesy nie wymagano oświadczenia o kwalifikowalności VAT. Przyznanie dotacji w kwocie brutto i możliwość odliczenia podatku VAT z inwestycji w 100% bądź prewspółczynnikiem 99% przez Gminę stoi ze sobą w sprzeczności, co z kolei sugeruje, że podatek VAT winien być zwrócony instytucji przyznającej dotację.

1. Jak winna postąpić Gmina jako beneficjent – wystąpić o interpretację indywidualną i na jej podstawie rozliczyć się instytucją, która przyznała dotację?
2. Co ewentualnie z 1% podatku VAT, którego Gmina nie odzyska w ramach odliczenia z inwestycji?
3. Czy Gmina winna mieć dodatkową interpretację indywidualną dla prewspółczynnika 99%, umożliwiającego odliczenie podatku VAT z inwestycji wod-kan?

Odpowiedź
Gmina powinna wyznaczyć preproporcję dla całej inwestycji i na podstawie uzyskanego wskaźnika rozliczać VAT naliczony. 
W każdym momencie Gmina może zwrócić się do Krajowej Informacji Podatkowej o interpretację.
Rozliczenie dotacji z instytucją, która przyznała dotację Gminie powinno wynikać z zawartej umowy pomiędzy Gminą a Prezesem Rady Ministrów. W całej Polsce wyznaczeni zostali opiekunowie Rządowego Funduszu Polski Ład dla Programu Inwestycji Strategicznych, którzy udzielają wszelkich informacji dotyczących Programu. Wykaz opiekunów znajduje się na stronach poszczególnych edycji Programu, zamieszczonych na stronie internetowej BGK www.bgk.pl, w zakładce Kontakt.

Uzasadnienie
W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124 ustawy o VAT.
Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:
a. nabycia towarów i usług,
b. dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.
Jak wynika z powołanych przepisów, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów 
i usług, oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Przedstawiona wyżej zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Ponadto ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych, to jest m.in. tego, że zakupy są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy.

W świetle postanowień art. 15 ust. 1 ustawy o VAT podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.
Stosownie do treści art. 15 ust. 2 ustawy o VAT działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.
W myśl art. 15 ust. 6 ustawy o VAT nie uznaje się za podatnika organów władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy w zakresie realizowanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, dla realizacji których zostały one powołane, z wyłączeniem czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych. Jak wynika z powyższego, wyłączenie organów władzy publicznej z kategorii podatnika ma charakter podmiotowo-przedmiotowy.
Kryterium podziału stanowi charakter wykonywanych czynności: czynności o charakterze publicznoprawnym wyłączają te podmioty z kategorii podatników, natomiast czynności o charakterze cywilnoprawnym skutkują uznaniem tych podmiotów za podatników podatku od towarów i usług, a realizowane przez nie odpłatne dostawy towarów i świadczenie usług podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.
Z powołanych wyżej przepisów wynika, że jednostki samorządu terytorialnego są podatnikami podatku od towarów i usług jedynie w zakresie wszelkich czynności, które mają charakter cywilnoprawny, tzn. są przez nie realizowane na podstawie umów cywilnoprawnych. Będą to zatem wszystkie realizowane przez te jednostki czynności w sferze ich aktywności cywilnoprawnej, np. czynności sprzedaży, zamiany (nieruchomości i ruchomości), wynajmu, dzierżawy, itp. umów prawa cywilnego. Tylko w tym zakresie ich czynności mają bowiem charakter działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT.
W przypadku ponoszenia przez gminę wydatków na realizację inwestycji, obowiązkiem gminy zarejestrowanej jako czynny podatnik VAT, jest przypisanie konkretnych wydatków inwestycyjnych do określonego rodzaju działalności gospodarczej (opodatkowanej i zwolnionej od VAT) oraz innej niż gospodarcza (poza VAT), z którymi wydatki te są związane. Gmina będąca podatnikiem VAT ma obowiązek dokonania tzw. bezpośredniej alokacji czyli odrębnego określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu związanych z realizowaną inwestycją.
Jeśli takie wyodrębnienie wydatków inwestycyjnych jest możliwe, podatnikowi przysługuje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych ze sprzedażą opodatkowaną. Brak jest natomiast takiego prawa 
w stosunku do wydatków inwestycyjnych poniesionych na towary i usługi wykorzystywane do wykonywania czynności niepodlegających temu podatkowi. Natomiast gdy gmina nie ma możliwości przypisa...