Niezgodne z Dyrektywą zwolnienie z VAT nie pozbawia prawa do odliczenia

Takie stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 23 czerwca 2010 roku, sygn. akt I SA/Wr 521/10 poparł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku o sygnaturze I FSK 1483/10 z 12 października 2011 roku.

Sytuacja podatnika

Spółka złożyła wniosek o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług. Wskazała, że prowadząc działalność gospodarczą w branży motoryzacyjnej bierze udział w procesie wytwarzania  lementów urządzeń do pojazdów samochodowych oraz dodatkowo świadczy usługi badawczo – rozwojowe polegające na rozwoju istniejących i tworzeniu nowych maszyn i urządzeń, sklasyfikowane według PKWiU 73.10.13 „Usługi badawczo-rozwojowe w dziedzinie techniki i technologii”.

Początkowo w 2005 roku Spółka opodatkowywała świadczone usługi 22% stawką VAT i odliczała VAT naliczony. W grudniu 2006 roku strona skorygowała faktury za okres od stycznia do maja 2005 roku, stosując zwolnienie z VAT i skorygowała deklaracje VAT-7 za ten okres, zmniejszając kwotę podatku naliczonego związanego z usługami.

W związku z tym stanem faktycznym Spółka zadała pytanie: czy miała prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z tymi usługami świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005 roku, gdy stosowała do tych usług zwolnienie z opodatkowania VAT i od czerwca do grudnia 2005 roku kiedy usługi były przez stronę opodatkowane podatkiem VAT?

Zdaniem strony, przysługiwało jej prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z usługami badawczo-rozwojowymi świadczonymi zarówno w okresie od stycznia do maja jak i od czerwca do grudnia 2005 roku, gdyż wprowadzone na mocy art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 roku o podatku od towarów i usług w poz. 5 zał. nr 4 ustawy o VAT, w jego brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2005 roku, zwolnienie od podatku VAT usług badawczo – rozwojowych stanowiło naruszenie przepisów obowiązującej w 2005 roku VI Dyrektywy Rady z 17 maja 1977 roku Nr 77/388/EWG w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku.

Skoro powyższe usługi stanowiły czynność opodatkowaną w świetle Dyrektywy, stronie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z tymi usługami w oparciu o bezwarunkowy przepis VI Dyrektywy.

Minister Finansów wydając indywidualną interpretację uznał stanowisko strony za nieprawidłowe.

Organ podatkowy, wskazując na art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, stwierdził, że skoro świadczone przez stronę usługi badawczo – rozwojowe w dziedzinie techniki i technologii nie były związane z wykonywaniem czynności opodatkowanych – świadczone usługi korzystały do dnia 31 grudnia 2005 roku ze zwolnienia od podatku VAT - stronie nie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Na powyższą interpretację spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.

Wyrok Sądu Administracyjnego

WSA we Wrocławiu uwzględnił skargę Spółki, wyrażając opinię, że o kwestii zwolnienia czy też nie danej usługi od podatku VAT nie decyduje klasyfikacja w prawie krajowym, lecz charakter usługi. Sąd, odwołując się do obowiązku stosowania prowspólnotowej wykładni prawa, wyraził zdanie, że ustawodawstwo krajowe wprowadzające zwolnienie z VAT, które nie jest objęte zwolnieniem przewidzianym w VI Dyrektywie ani potwierdzone zgodnie z wyjątkiem przewidzianym przez tę Dyrektywę, stanowi naruszenie art. 2 VI Dyrektywy.

Zdaniem Sądu, regulacja art. 43 ust. 1 pkt 1 w zw. z poz. 5 załącznika nr 4 do ustawy o podatku VAT, zgodnie z którą przepisy krajowe traktują usługi badawczo – rozwojowe jako zwolnione od podatku od towarów i usług, pozostaje w sprzeczności z unormowaniami zawartymi w art. 13-16 VI Dyrektywy. Polski ustawodawca wprowadził zwolnienie, którego obecnie obowiązująca, jak i poprzednio obowiązująca Dyrektywa, nie przewidują, co stanowi naruszenie art. 2 VI Dyrektywy.

W sytuacji niezgodności polskiej regulacji zawartej w przepisach aktów podstawowych z uregulowaniami wspólnotowymi sądy mogą pominąć treść aktu podustawowego, obowiązuje bowiem w stosowaniu prawa bezpośrednia skuteczność przepisów dyrektywy. Podatnik, jak to zrobiła w rozpoznawanej sprawie strona skarżąca, może powołać się na przepis dyrektywy w celu zakwestionowania sprzecznych z nią przepisów prawa krajowego. Wprowadzenie niezgodnego z prawem wspólnotowym zwolnienia nie może bowiem pozbawiać podatnika prawa do odliczenia także poprzez konieczność dokonania korekty podatku naliczonego i zmniejszenie pierwotnej kwoty odliczenia, co naruszałoby zasadę neutralności VAT - Sąd pierwszej instancji wskazał w tym zakresie na orzeczenia sądów administracyjnych.

Sąd, przywołując wyrok ETS w sprawie C-150/99 (Stockholm Lindopark) skonstatował, że mimo, iż przepisy polskie wprowadzają zwolnienie z podatku VAT dla czynności badawczo - rozwojowych, skoro na gruncie przepisów VI Dyrektywy podlegają one opodatkowaniu, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego...