Art.31 ust.1 ustawy o kontroli skarbowej (u.k.s.) od 1 września 2003 roku do 30 czerwca 2010 roku wyłączał stosowanie w przypadku postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej między innymi art.54 §1 pkt 1 i 7 ustawy Ordynacja podatkowa. Art. 54 § 1 Ordynacji w punktach 1 i 7 przewiduje wyłączenie naliczania odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych:
– za okres zabezpieczenia zobowiązania podatkowego w sytuacji, gdy objęte zabezpieczeniem środki pieniężne zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych (art. 54 § 1 pkt 1 Ordynacji) oraz
– za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja ta nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania (art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji).
W wydanym wyroku Trybunał Konstytucyjny wskazał, że w wyniku braku możliwości stosowania do postępowania kontrolnego art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji, doszło do naruszenia zasad równości i sprawiedliwości podatkowej (art. 32 i art. 84 Konstytucji). W sytuacji bowiem gdy kontrolę podatnika prowadził organ kontroli skarbowej, wyłączona była – na podstawie art.31 ust.1 u.k.s. – możliwość nienaliczania odsetek za zwłokę za okresy określone w art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji. Podatnicy byli wówczas obciążeni odsetkami z tytułu zaległości podatkowych za pełny okres pozostawania w zwłoce. Natomiast, gdy postępowanie było prowadzone przez organ podatkowy, podatnikom nie naliczało się odsetek za okresy wymienione w art. 54 Ordynacji.
Wyrok Trybunału Konstytucyjnego daje podmiotom, które w wyniku decyzji Urzędu Kontroli Skarbowej zapłaciły odsetki za okresy, o których mowa w art.54 §1 pkt 1 i 7 Ordynacji podatkowej, możliwość ubiegania się o zwrot nienależnie zapłaconych odsetek.
